Ο τελικός του 2011
Ο Ατρόμητος έχει δύο συνεχόμενες παρουσίες στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας διεκδικώντας ως φιναλίστ το βαρύτιμο τρόπαιο.
Στις 30 Απριλίου 2011 παρουσία 15.000 χιλιάδων φιλάθλων του αντιμετώπισε στο Ολυμπιακό Στάδιο την ΑΕΚ σε έναν τελικό-παρωδία που «στιγματίστηκε» από θλιβερά επεισόδια και ο οποίος δεν έληξε ποτέ λόγω της εισβολής των φιλάθλων της ΑΕΚ στον αγωνιστικό χώρο.
Ο διαιτητής Τάσος Κάκος αποχώρησε για τα αποδυτήρια εννιά λεπτά πριν από το τέλος του αγώνα κι ενώ η ΑΕΚ ήταν μπροστά στο σκορ 3-0 και σφύριξε τη λήξη μέσα στα αποδυτήρια. Τα γκολ πέτυχαν οι Λυμπερόπουλος (28’ από καθαρή θέση οφσάιντ), Μπαχά (78’), Καφές (85΄)
Η σύνθεση της ομάδας του Γιώργου Δώνη:
Ατρόμητος (Γιώργος Δώνης): Ιτάντζ, Νάστος, Μπαζίνσκι, Ολιβέιρα (82΄ Σαρμιέντο), Σκόνδρας, Τάτος, Νεμπεγλέρας, Σφακιανάκης, Σαγκανόφσκι (66΄Μπρίτο), Καμαρά (90΄Σαμπού), Αναστασάκος.
Ο τελικός του 2012
Στις 28 Απριλίου 2012 αντιμετώπισε αυτή τη φορά στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας τον Ολυμπιακό στο Ολυμπιακό Στάδιο έχοντας την υποστήριξη 10.000 φιλάθλων του. Ο Ολυμπιακός προηγήθηκε στο 29’ με τον Τζιμπούρ και ισοφάρισε ο Ιγκλέσιας στο 76’. Το ματς οδηγήθηκε στην παράταση και ο Ολυμπιακός με γκολ του Φουστέρ στο 119’ αναδείχθηκε νικητής με 2-1.
Ατρόμητος (Γιώργος Δώνης): Ιτάνζ, Σκόνδρας, Τόμας, Φυτανίδης, Οικονόμου, Ιγκλέσιας (98′ Ζουέλα), Δημούτσος, Μπρίτο (77′ Σφακιανάκης), Επστάιν, Τάτος (63′ λ.τρ. Καραμάνος), Μήτρογλου.
