Ο Ατρόμητος ξεκίνησε την ποδοσφαιρική του διαδρομή στο ελληνικό ποδόσφαιρο την περίοδο 1924-25 μετέχοντας στο πρωτάθλημα Αθηνών. Η πρώτη μεγάλη στιγμή της ομάδας έρχεται την περίοδο 1950-51 όταν κερδίζει την άνοδο στην Α2 Κατηγορία Αθηνών καθώς τα προηγούμενα χρόνια αγωνιζόταν στην Β’ Κατηγορία. Την περίοδο 1958-59 κατακτά την 1η θέση κερδίζοντας για πρώτη φορά την άνοδο στην Α’ Αθηνών.
Τρία χρονιά αργότερα η ομάδα ανέβηκε στη νεοσύστατη Β’ Εθνική για να έρθει η πολύ μεγάλη στιγμή την σεζόν 1971-72 όταν κατέκτησε το πρωτάθλημα με την ιστορική νίκη στο Ρουφ (1-0 με γκολ του Στολίγκα) και την άνοδο στην Α’ Εθνική για πρώτη φορά στην ιστορία της. Η δεκαετία του ’70 χαρακτηρίζεται «χρυσή» για τον Ατρόμητο μέχρι που την σεζόν 1980-81 αγωνίζεται για τελευταία φορά στην Α’ Εθνική.
Ακολουθεί μα πτωτική πορεία, με πτώση στην Γ’ Εθνική το 1987 και στη Δ’ Εθνική το 1997. Όλα αυτά μέχρι που εβδομήντα τρία χρόνια μετά την ίδρυση του ήρθε μια δεύτερη συγχώνευση, για να σημαδέψει για τα καλά την ιστορία του Ατρόμητου.
Ο Μάιος του 2005 βρήκε τον σύλλογο στη Γ’ Εθνική, με πολλά οικονομικά προβλήματα, που καθιστούσαν το μέλλον του εξαιρετικά αβέβαιο.
Σαν «μάνα εξ ουρανού» και ακολουθώντας τα βήματα του Νίκου Επίογλου και του Ιωσήφ Τσουρουτσόγλου παρουσιάζεται ένας από τους πλέον αξιόπιστους παράγοντες του ελληνικού ποδοσφαίρου, ο επιχειρηματίας Γιώργος Σπανός, ιδιοκτήτης της εταιρείας πετρελαιοειδών «ΕΤΕΚΑ», ο οποίος κάνει τη σοβαρότερη και σπουδαιότερη επενδυτική κίνηση που γίνεται ποτέ στον αθλητισμό του Περιστερίου.
Διαλύει τη Χαλκηδόνα που ήταν μία από τις ομάδες-πρότυπο στην Α’ Εθνική και τη συγχωνεύει με τον Ατρόμητο. Χωρίς όρους.
Ξαφνικά και αναπάντεχα ο Ατρόμητος βρέθηκε στα «μεγάλα σαλόνια» του ελληνικού ποδοσφαίρου ύστερα από 24 ολόκληρα χρόνια. Αναπάντεχα, αλλά λυτρωτικά…
Ο Ατρόμητος κρατάει τα σύμβολά του, τα χρώματά του, την έδρα του και βάζει πλώρη για μεγάλες επιτυχίες.
Κάπου εδώ κλείνει ένας πολύ μεγάλος κύκλος της ιστορίας του Ατρόμητου και ξεκινάει ένας καινούργιος…
