Ήταν αρχές της δεκαετίας του ’20 στην Αθήνα της «διαφορετικότητας» και μια παρέα που σύχναζε στην πλατεία Κυριακού, τη σημερινή πλατεία Βικτωρίας, αποφάσισε να ιδρύσει μια ομάδα ποδοσφαίρου. Καθαρά για χόμπι και από αγάπη στο άθλημα. Οι εποχές ήταν δύσκολες, αλλά το μεράκι έφτανε και περίσσευε.
Κολομβούνης, Πέτας, Σταθόπουλος, Συνοδινός, Σταματόπουλος, Γλυκοφρύδης ήταν οι πρωτεργάτες της ιδέας που επίσημα υλοποιήθηκε τον Μάιο του 1923.
Το βάρος της οργάνωσης έπεσε πάνω στον καθηγητή Μαθηματικών Βαγγέλη Σταμάτη, ο οποίος ήταν ένας από τους κορυφαίους παράγοντες της προπολεμικής περιόδου και βοήθησε με τις γνώσεις του την παρέα της πλατείας Βικτωρίας να κάνει πραγματικότητα το όνειρο της δημιουργίας μιας νέας ομάδας. Ο Βαγγέλης Σταμάτης ήταν μέλος του Δ.Σ. του Παναθηναϊκού και μαζί με δύο-τρία ακόμη μέλη διαφώνησε και αποχώρησε από τους «πράσινους». Η νέα ομάδα που ιδρύθηκε πήρε το όνομα «Ατρόμητος».
Το ιδρυτικό καταστατικό απέκτησε επίσημη μορφή δύο χρόνια μετά. Το 1924 εγκρίθηκε η δημιουργία του νέου συλλόγου, αλλά η υπογραφή του ιδρυτικού καταστατικού έγινε το 1925. Ο Ατρόμητος έχει τον αριθμό 14 στο μητρώο της ΕΠΟ.
Η πρώτη ομάδα που εγράφη στο δυναμικό της ελληνικής ομοσπονδίας ήταν ο Παναθηναϊκός και ακολούθησαν: ΑΕΚ, Απόλλων, Δάφνη, Αθηναϊκός, Αστήρ Ζωγράφου, Γουδί, Ολυμπιάδα (Ορφέας Αιγάλεω), Άρης Πετρούπολης, ΑΟ Παγκρατίου, Ελληνορωσικός, Αρίων Παγκρατίου, Αττικός και Ατρόμητος. Πρώτος πρόεδρος ήταν ο Ιωσήφ Τσουρουκτσόγλου, ένας ευυπόληπτος γιατρός που καταγόταν από τη Μικρά Ασία και πρώτη έδρα της ομάδας ήταν το γήπεδο του Πανελληνίου στο Πεδίον του Άρεως και αργότερα το γήπεδο του Παναθηναϊκού.
Το 1925, σε μια άλλη περιοχή της ευρύτερης περιοχής της πρωτεύουσας, στο Περιστέρι, που ακόμη δεν είχε συσταθεί σε δήμο, ιδρύεται ο σύλλογος Ασπίς, από τον οποίο προήλθε ο ποδοσφαιρικός Νέος Αστήρ. Το 1932 ο Νικόλαος Επίογλου και ο Ιωσήφ Τσουρουκτσόγλου, που κρατούσαν στα χέρια τους τις τύχες της ομάδας του Ατρόμητου, πήραν τη μεγάλη απόφαση. Ο Ατρόμητος έπρεπε να βρει τη δική του έδρα. Η γειτνίαση με τον Παναθηναϊκό δημιουργούσε εμπόδια, καθώς η ομάδα δεν είχε δικούς της φιλάθλους κι έπρεπε να αποκτήσει το δικό της ξεχωριστό κοινό. Η ιδέα τους πήρε σάρκα και οστά.
Ο Ατρόμητος μετακινήθηκε το 1933 στο Περιστέρι που εκείνα τα χρόνια ήταν ένας απέραντος περιστερώνας και το αποκούμπι χιλιάδων προσφύγων, μετά την καταστροφή της Σμύρνης. Δεν ήταν ούτε καν δήμος. Δήμος έγινε το 1934.
Η συγχώνευση έγινε χωρίς μεγάλη δυσκολία. Ατρόμητος Αθηνών και Αστέρας ενώθηκαν εις σάρκα μία. Ο Αστέρας, που ήταν ανεξάρτητο σωματείο, έδωσε το σύμβολό του (το αστέρι) στη φανέλα της νέας ομάδας που δημιουργήθηκε, αλλά και τα χρώματά του, το μπλε και το άσπρο, ενώ ο Ατρόμητος Αθηνών κράτησε το όνομά του. Έτσι δημιουργήθηκε το 1932-33 η συνέχεια του Ατρόμητου Αθηνών, με σήμα το αστέρι, χρώματα το μπλε – άσπρο κι έδρα το Περιστέρι.